Tuyên Tổ đại vương có tên húy là Lý Diên (李昖; 이연), sinh ra vào ngày 11 tháng 11 năm 1552 ở Hán Thành. Ông là con trai thứ ba của Đức Hưng Đại viện quân Lý Thiệu (德興大院君李岹, 1530 - 1559), con trai của Triều Tiên Trung Tông và Xương tần An thị; mẹ ông là Hà Đông Phủ đại phu nhân Trịnh thị (河東府大夫人). Lúc đầu, ông được phong làm Hà Thành Quân (河城君), nhưng không được nhiều người chú ý vì ông không có nhiều quyền lực.

Năm 1567, Triều Tiên Minh Tông qua đời mà không có con trai để kế vị, vì vậy quan viên triêu đình đã phải tìm một thành viên khác trong vương tộc để lên ngôi. Hà Thành Quân mới 15 tuổi được chọn để kế tục vương nghiệp, bởi ông còn trẻ và chưa biết gì về chính trị.